영화 산업: Mirage Studios

악당 슈레더와 그의 조직 ‘풋 클랜’이 장악해버린 후 범죄와 폭력이 난무하는 뉴욕시. 열혈 방송기자 에이프릴은 카메라맨 번과 함께 그들의 음모를 파헤치기 위해 나서고, 슈레더와 손 잡은 사업가 에릭 삭스의 정체가 점점 드러나게 된다. 한편, 하수구에 살던 ‘닌자터틀’ 레오나르도, 도나텔로, 라파엘, 미켈란젤로는 암흑으로 변해가는 도시를 구하기 위해 거리로 나오게 되는데.......

피자를 사랑하는 뉴요커! 고도의 무술을 전수받은 정의의 형제! 닌자거북이! 팀의 리더인 레오나르도와 브레인 도나텔로, 재간둥이 미켈란젤로, 근육질 쌈짱 라파엘은 뉴욕의 맨홀 뚜껑 아래 지하세계에서 고도의 훈련을 받으며 비밀스럽게 살고 있다. 레오나르도가 특별 원정훈련을 떠나고 잠시 활동을 접은 사이, 도시에는 불길한 기운이 맴도는데... 전설 속의 괴물군단에 맞서기 위해 수퍼 히어로 닌자거북이가 다시 뭉쳤다! 도시 한가운데 거대한 불...

부모를 잃은 4마리의 거북이들과 늙은 쥐 한 마리가 하수구로 흘러들어온 방사능 물질로 인해 사람의 형태와 지능을 갖게된다. 순진하고 재치있는 레오나르도, 미켈란젤로, 도나텔로, 라파엘로로 구성된 4마리의 거북이들은 하수구에 숨어 살며 뉴욕시의 평화를 위해 고군분투한다. 한편 뉴욕에서 벌어지는 소리 없는 범죄를 보도하는 기자 에이프릴은 이 범죄의 피해자가 될 뻔 하였지만 닌자거북이들의 도움으로 위기를 탈출한다. 그들이 사람처럼 변한 이유와 그동안...

거북이들을 위해 여행선물로 골동품을 사온 에이프릴, 그 중에서 용도를 알 수 없는 물건이 있어 만지던 중 에이프릴이 사라진다. 대신 나타난 것은 켄신이라는 일본 막부시대의 영주 아들로 자신이 일본에서 온 것이라고 말해준다. 막부시대 일본으로 간 에이프릴은 마녀로 몰려 투옥된다. 거북이들은 에이프릴를 구하기 위하여 과거로 향하고, 그곳에 도착하자마자 라파엘과 나머지 셋은 갈라져 에이프릴을 찾기는 커녕 자신들마저 뿔뿔이 흩어지는데......

에이프릴의 방송을 보던 중, 거북이들은 자신들이 태어나게 된 원인에 대해서 알 수 있는 단서를 얻는다. 그리고 거북이들은 사부인 스플린터의 말에 따라 그것의 원인이 되었던 TGRI를 찾아가 그 물질을 손에 넣으려 하지만 실패하고, 자신들의 근원에 대해 알 수 있는 것을 놓쳐 낙심하게 된다. 그러던 중 피자배달부인 케노 덕분에 더 풋의 본거지를 알게 되고 그곳을 찾아가는 데, 그곳에서 생각지도 못한 인물을 만나게 되는데......

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